En  1789 Magny-lez-Auxonne dépendait de la province de Bourgogne, baillage d'Auxonne, recette de Dijon.
Sous le rapport spirituel, c'était une dépendance de la paroisse de Montarlot, et anciennementde celle d'Athée

En 1860 (décret du 22 12 1860) la commune de Montarlot est reliée à celle de Magny, ce qui donne le nom collectif de Magny-Montarlot
Toutefois, le dictionnaire des postes en 1884 précise Magny Montarlot ou Magny-lès-Auxonne
(source : AD 21 dictionnaire topographique de la Côte d'Or)